Біохімічні процеси обумовлені дією ферментів самого продукту. Найбільше значення при зберіганні продовольчих товарів мають дихання, гідролітичні і автолітичні процес. Процес дихання відбувається тільки в продуктах, які є живими біологічними об’єктами – свіжі плоди, овочі, гриби, зерно, крупи, яйця.
Дихання – це складний процес, при якому витрачаються поживні речовини товарів, в першу чергу цукри, органічні кислоти, жири та інші речовини. Внаслідок дихання зменшується маса продукту і знижується його харчова цінність. Так як процес дихання не можна виключити при зберіганні товарів, необхідно впливати на його інтенсивність.
Дихання може бути аеробним (в присутності кисню) і анаеробне (без кисню). Аеробне дихання при окисленні глюкози можна виразити рівнянням
С6Н12О6 + 6 О2 = 6 Н2О + 6 СО2 + 688 ккал
Анаеробне дихання протікає наступним чином
С6Н12О6 = 2 С2Н5ОН + 2 СО2 + 22,5 ккал
Як видно з наведених рівнянь, при аеробному диханні утворюються відносно нешкідливі речовини Н2О і СО2, але виділяється багато енергії частково у вигляді фізіологічного тепла.. Волога і тепло, які виділяються, можуть підвищувати інтенсивність дихання і викликати розвиток мікроорганізмів. При аеробному диханні виділяється менше тепла, але утворюється етиловий спирт, який руйнує клітини і надає продуктам неприємного смаку. Тому при зберіганні біологічно активних товарів намагаються підтримувати аеробне дихання шляхом регулярного провітрювання і одночасного видалення тепла і вологи, що виділяються. Під час зберігання зерна, борошна, круп’яних товарів при недостатній вентиляції і підвищеній вологості продуктів можливе їх самозігрівання і мікробіологічне псування. Низькі температури затримують процес дихання.
Гідролітичні процеси викликають розщеплення білків, жирів, вуглеводів під дією ферментів гідролаз. Вони можуть впливати на якість товару як позитивно (наприклад, накопичення цукрі в плодах при дозріванні за рахунок гідролізу крохмалю), так і негативно (наприклад, гідроліз жиру під дією ліпаз підвищує кислотне число жирів – показник свіжості).
Автолітичні процеси або автоліз викликає руйнування вуглеводів, жирів, білків, глікогену під впливом ферментів, які знаходяться у тваринних і рослинних тканинах. Автоліз, так само як і наступні процеси, можуть протікати у всіх товарах біологічного походження. На продовольчі товари автолітичні процеси можуть впливати як позитивно, так і негативно. Наприклад, при зберіганні м’яса відбувається автолітичний розпад білків до пептидів, розпад глікогену до молочної кислоти, накопичення аденозин три фосфорної кислоти (АТФ), завдяки чому м’ясо стає м’яким при тепловій обробці – соковитим і смачним. Автоліз відбувається у солоній рибі – оселедцях, лососевих, які здатні дозрівати після посолу. При цьому консистенція дозріваючої риби стає м’якою і соковитою з характерним смаком і ароматом. Автоліз спостерігається при дозріванні вина, ферментації чаю, кави, абаку. Від’ємний вплив автолізу проявляється при заморожуванні картоплі, при проростанні зерна і овочів, при глибокому автолізі м’яса і риби. Всі ці процеси знижують якість товарів.