Насіння, яке зберігається на хлібоприймальних підприємствах, в колективних або фермерських господарствах, скрізь необхідно захищати насамперед від несприятливих впливів, тобто добиватись не тільки збереження його схожості та енергії проростання, а й поліпшення показників якості.
Під час зберігання насіння зазнає різних змін, які призводять до зниження його схожості. У процесі інтенсивного дихання насіння з підвищеною вологістю в насипу накопичується вуглекислий газ, а в клітинах зерна відбувається інтенсивне анаеробне дихання. Продукти дихання, які при цьому виділяються, насамперед етиловий спирт, згубно діють на клітини зародка, тому насіння швидко втрачає схожість. Інтенсивність дихання сухого насіння незначна, і воно може зберігатися тривалий час навіть у високому насипі.
Основним фактором зниження схожості насіння є активний розвиток у зерновій масі мікроорганізмів, кліщів та комах. Часто на перших стадіях активного розвитку плісеневих грибів лабораторна схожість насіння ще буває високою, а польова знижується досить різко. Партії насіння, заражені кліщами, переводять у третій клас, оскільки розвиток у зерновій масі цих шкідників завжди супроводжується зниженням як лабораторної, так і польової схожості насіння.
Самозігрівання, навіть на початку його, також істотно знижує схожість зерна. Проростання насіння у зерносховищах — явище неприпустиме при зберіганні насінних фондів. Посівні якості насіння з підвищеною вологістю під час зберігання погіршуються або втрачаються внаслідок дії низьких температур. Чим більший вміст у насінні вільної вологи, тим помітніший вплив температури нижче 0 °С. Якщо насіння всіх культур вологістю нижче критичної витримує при зберіганні протягом тривалого часу температуру мінус 20…25 °С, то з підвищенням ‘вологості його стійкість різко зменшується. Багато зернин, маючи вологість 20…22 %, втрачає схожість при температурі мінус 5 – 10 °С протягом короткого часу зберігання.
Із продовженням строку зберігання схожість зерна поступово знижується. Так, при тривалому зберіганні схожість насіння різних культур зберігалася неоднаково: пшениці ярої, ячменю, вівса, гречки 1,5…3,5 року; озимої пшениці і жита — 1…3 роки; рису, проса, люпину — 1,5…2,5 року; соняшнику — до 1,5 року за умови закладання насіння вологістю, на 2 % нижчою за критичну.